Tek hücreli verilerin kodunun çözülmesini geliştiren yeni açık kaynak yöntemi

Spectra, veri analizini benzersiz bir şekilde yönlendirerek, kanser hücreleri ile bağışıklık hücreleri arasındaki etkileşimler gibi, immünoterapi tedavilerini iyileştirmek için kritik olan hücreler arasındaki karmaşık etkileşime ilişkin yeni bilgiler sunabilir.

Ekibin yaklaşımı ve bulguları yakın zamanda Nature Bioteknoloji'de yayınlandı.

Araştırmacılar, Spectra'nın, yeni veya belirli bir biyolojik bağlama son derece spesifik olanlar da dahil olmak üzere işlevsel olarak ilgili gen ekspresyon programlarını tanımlamak için teknik "gürültüyü" ortadan kaldırabildiğini belirtiyor.

MSK ekibi, çalışmaya eşlik eden bir araştırma brifinginde, algoritmanın büyük hasta gruplarından elde edilen verileri incelemek ve klinik açıdan anlamlı hasta özelliklerini ortaya çıkarmak için çok uygun olduğunu belirterek, Spectra'nın gelişen ilaç alanında biyobelirteçleri ve ilaç hedeflerini tanımlamak için ideal olduğunu ekledi. immünonkoloji.

Ayrıca MSK ekibi Spectra'yı dünya çapındaki araştırmacıların kullanımına ücretsiz olarak sundu.

MSK Sloan Kettering Enstitüsü'nde Hesaplamalı ve Sistem Biyolojisi Programına başkanlık eden, çalışmanın kıdemli yazarı Dana Pe'er, "Bilgisayar bilimcisi olarak eğitim aldım" diyor. "Geliştirdiğim her bir aracı, tek bir bağlamda değil birçok bağlamda kullanılabilecek şekilde sağlamlaştırmaya çalışıyorum. Ayrıca onları mümkün olduğunca erişilebilir hale getirmeye çalışıyorum."

"Yeni biyolojiyi keşfettiğim için mutluyum" diye devam ediyor. "Ve daha geniş bir topluluk tarafından birçok biyolojik keşif yapmak için kullanılabilecek temel bir araç oluşturduğum için de aynı derecede mutluyum, belki de daha mutluyum."

Dr. Pe'er, MSK'daki araştırmacıların yanı sıra çeşitli kurumlardan ekiplerin de çeşitli hastalıkları incelemek için Spectra'yı halihazırda kullandığını ekliyor.

Tek Hücreli Devrim

Geçtiğimiz on yılda "tek hücre devrimi" insanın sağlık ve hastalık anlayışını değiştirdi. Tek hücre teknolojileri, bilim adamlarının bir doku örneğindeki veya bir dizi örnekteki tek tek hücreleri (örneğin bir tümör) incelemesine ve yalnızca mevcut hücre türlerinin çeşitliliğini (kanser hücrelerine karşı çeşitli bağışıklık hücreleri gibi) görmesine olanak tanır. aynı zamanda her hücrede hangi genlerin aktif olduğu da hücre durumlarına ve hücre etkileşimlerine yeni bir ışık tutuyor. Teknoloji, kanser tedavilerine karşı direncin gelişimi de dahil olmak üzere, hücrelerin sağlık ve hastalıktaki değişen koşullara nasıl uyum sağladığı ve tepki verdiği konusunda yeni anlayışları teşvik etti.

Sorun, tek hücreli yöntemlerle üretilen akıllara durgunluk veren miktardaki verinin elekten geçirilmesinin ve doğru şekilde yorumlanmasının zor olmasıdır. Pe'er, bunun özellikle gen programlarına, yani belirli bir görevi gerçekleştirmek için birlikte çalışan, bir dokudaki birden fazla hücre tipinde aktif olan genlere bakmaya çalışırken doğru olduğunu açıklıyor.

"Bu, kanser hücreleri ile bağışıklık hücreleri arasındaki, oldukça örtüşen gen programlarını içeren etkileşimleri incelemek için özellikle önemlidir" diyor. "Bu, inanılmaz derecede yanıltıcı sonuçlara yol açabilecek bazı ciddi istatistiksel sorunlara neden oluyor."

Dr. Pe'er'in, istatistik alanında eğitim almış bir doktora öğrencisi olan ortak yazarlar Russell Kunes ve immüno-onkoloji alanında uzmanlığa sahip bir doktor-bilim adamı olan Thomas Walle (MD) tarafından yönetilen ekibi, yalnızca rehberlik için geliştirilmiş yöntemi geliştirmekle kalmadı. Veri analizinin yanı sıra diğer bilim insanları tarafından benimsenmesini kolaylaştırmak için kullanıcı dostu bir arayüz de oluşturdular.

reklamcılık